Veprių krašto muziejus įkurtas 1967 m. mokytojo Jono Žentelio iniciatyva, jo asmeninės kolekcijos pagrindu. Muziejaus istorija prasidėjo Veprių vidurinėje mokykloje, kur atsiradus laisvų patalpų J. Žentelis pradėjo kaupti iš aplinkinių sodybų surinktus buities daiktus, darbo įrankius ir kitas krašto istoriją liudijančias vertybes.

Didžiąją dalį eksponatų muziejaus įkūrėjas surinko pats, pėsčiomis ar dviračiu keliaudamas po Veprių apylinkes ir tolimesnius kaimus. Jo pastangomis išsaugota daugybė etnografinių, istorinių ir sakralinių vertybių, tarp jų – ir sovietmečiu išsaugoti Ukmergės rajone stovėję koplytstulpiai.

1993 m. muziejus persikėlė į specialiai jam pastatytą pastatą, kuriame veikia iki šiol. 1995 m. Veprių krašto muziejus tapo Ukmergės kraštotyros muziejaus skyriumi.

Šiandien muziejuje saugoma daugiau nei 8 000 eksponatų. Ypač vertingi archeologiniai, etnografiniai ir sakraliniai rinkiniai. Ekspozicijose pristatoma Veprių krašto istorija, kultūra ir švietimas, sakralinis menas, buitis ir senieji amatai.

Muziejuje taip pat sukauptas gausus tremties ir rezistencijos archyvas, medžiaga apie žymius Veprių krašto žmones. Didžioji šio paveldo dalis surinkta vieno žmogaus – muziejaus įkūrėjo Jono Žentelio – pastangomis.